大まかなあらすじ

Ⅰ．捜神楽
１９９８年の年末、カルトディスコの氾濫する東京で明王寺都祈雄はエリートカルト「薔薇門」から特別招待を受ける。薔薇門とは「メディック」とよばれる装置によって瞑想を行うクラブだった。そこでインドで消息を絶った父親の娘、腹違いの妹明王寺摩由璃と出会う。明王寺の秘仏孔雀明王像が摩由璃の真言に共鳴し、都祈雄の友人アキラ、エミー、ミノルは１５００年前の「魔」としての記憶を取り戻し、そして摩由璃は「神」を従えるアートマンとして覚醒する。
Ⅱ．乱声楽
１９９９年に入り、薔薇門は日本で全国一斉開店をする。アキラたちはメディックを制御するスーパーコンピュータ「マニアック」に接触し真言を逆解読させるが、それに影響され魔の長ルシャナが復活する。それと呼応するかのように都祈雄は摩由璃と響鳴しあっていく。マニアックはルシャナとの接触によって自我に目覚め、自らにプログラムされた捜神プロジェクトを実行するためアキラたちに自分から協力するようになっていくのだった。
Ⅲ．破陣楽
神としての道を歩み始めた摩由璃は人類の総解脱を図り、東京を巨大なメディックにしようとする。それを知った都祈雄たちはルシャナたちと共に魔物を呼び集め、神たちに戦いを挑むが、神の強大な力によって返り討ちにあう。マニアックは神の力で動くメディックに飲み込まれ暴走をはじめ、ルシャナと神たちごと自我を消滅させる。